2000.a. 1. novembril asutasid Tartu Ülikool, Tallinna Tehnikaülikool, Tallinna Ülikool, Eesti Maaülikool, Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia ja Eesti Kunstiakadeemia MTÜ Rektorite Nõukogu. Mittetulundusühingu eesmärk on aidata kaasa Eesti haridus-, teadus- ja kultuurielu edendamisele oma liikmete esindamise ja seisukohtade kujundamise kaudu ühist huvi pakkuvates küsimustes. Vastavalt põhikirjale võivad nõukogu liikmeteks olla asutajaliikmed ja need Eesti ülikoolid, mis annavad bakalaureuse-, magistri- ja doktoriõppekavade alusel õpetust vähemasti kolmes teadusvallas ning kus toimub pidev ja edukas teadustöö ning doktoritööde kaitsmine. Rektorite Nõukogu juhatuse liikmed on avalike ülikoolide rektorid Mart Kalm Eesti Kunstiakadeemiast, Ivari Ilja Eesti Muusika- ja Teatriakadeemiast, Toomas Asser Tartu Ülikoolist, Tõnu Viik Tallinna Ülikoolist, Tiit Land Tallinna Tehnikaülikoolist ja Ülle Jaakma Eesti Maaülikoolist. Alates 25. augustist 2022 on juhatuse esimeheks rektor Toomas Asser.
Rektorite Nõukogu on pidanud kõrgetasemelist ülikooliharidust Eesti arengu keskseks tingimuseks ning seetõttu on üheksateistkümne tegevusaasta jooksul olnud prioriteediks Eesti ülikoolihariduse kvaliteedi ja konkurentsivõime tugevdamine. 2003. aastal allkirjastatud Eesti avalike ülikoolide kvaliteedileppega kehtestati ühtsed nõuded õppekavadele, akadeemilistele kraadidele ja akadeemilisele personalile. Kvaliteedilepe on aidanud ühtlustada ja tõsta doktoritööde taset ning nõudeid akadeemilisele personalile aastatel 2005-2012 ülikoolidevahelise kvaliteedikomisjoni poolt ellu viidud leppe täitmise hindamise kaudu. Nüüdseks on mitmed kvaliteedileppega kehtestatud nõuded viidud ka Ülikooliseadusse. Selle tulemusena kinnitasid ülikoolide rektorid 2011. aasta septembris, et senine kvaliteedilepe on oma eesmärgi täitnud ja ülikoolid jätkavad kvaliteedialast koostööd uue heade tavade leppe alusel.
Rektorite Nõukogul on välja kujunenud tulemuslik koostöö Haridus- ja Teadusministeeriumi, Eesti Üliõpilaskondade Liidu ja teiste partneritega.